Mysterious Pirate Jewels 3 is een tijdgebonden match-3-spel met een raster van zeshoekige vormen. In 45 levels moet de speler juwelen, ook wel zeshoeken genoemd, in groepen met elkaar verbinden en loslaten van het raster om gekleurde achtergronden te breken en te verwijderen. Het belangrijkste doel is om standaard- en bonuspunten te verdienen door wedstrijden te spelen voordat de tijd om is en om alle levels te voltooien.
In plaats van een beperkt aantal verbindingslijnen te gebruiken, verbindt de speler drie of meer dezelfde juwelen met pijlen met dezelfde kleur in elke richting. Als de speler een match voltooit, laat het spel de overeenkomende zeshoeken verdwijnen in fonkelingen en vult vervolgens de lege ruimtes op het raster op met nieuwe zeshoeken. Het verwijdert onmiddellijk elke roze achtergrondkleur van het raster. Bij een andere kleur, zoals blauw, wordt alleen de bovenste kleur verwijderd. De speler moet nog een wedstrijd spelen om het roze te verwijderen.
Mysterieuze Piratenjuwelen 3 laadt verschillende boosters op in de rechterbenedenhoek na het voltooien van elke wedstrijd. De speler kan een pijltje terug gebruiken om zijn laatste zet ongedaan te maken. Na verloop van tijd verandert dezelfde knop in twee pijlen waarmee de tegels worden geschud. Ze kunnen ook een hamer naar het raster slepen om bijpassende en niet-bijpassende juwelen los te maken.
Tijdens het spelen vult het spel ruimtes met speciale voorwerpen, waaronder regenboogkleurige ovale hexen die als jokers fungeren om bij elk juweel te passen, een gloeiende lichtgekleurde ovale bal die als bliksem fungeert om alle hexen te verwijderen die bij zijn kleur passen en een zandloper die meer tijd aan de klok toevoegt.
