Merge Pixel is een incrementeel spel met een samenvoegelement. Op 24 velden in een hete smederij ontvangt de speler pixel-gebaseerde karakters, bekend als items, die ze moeten samenvoegen om meer geëvolueerde karakters te creëren. Het spel heeft 80 verschillende karakters. Elk item produceert goud. Het doel van de speler is om alle items vrij te spelen en zo veel mogelijk inkomsten te verdienen via samenvoegingen en upgrades.
De speler kan alleen paren van identieke personages samenvoegen. Tijdens en na de samenvoeging wordt het saldo van de muntenbank bijgewerkt in het midden bovenin. Zelfs als ze de pagina verlaten, blijft het spel automatisch munten genereren en wordt het nieuwe saldo weergegeven wanneer ze terugkeren. Ze kunnen ook hun inkomsten verhogen met een advertentieweergave.
Dat gezegd hebbende, is het mogelijk dat het spel geen nieuwe basispersonages smeedt terwijl ze weg zijn. Daarom moeten ze wachten tot er nieuwe personages verschijnen om samenvoegingen uit te voeren of een knop met een toortspictogram onder de velden gebruiken om het proces handmatig te versnellen.
Merge Pixel heeft vier extra knoppen onder aan het scherm. Met de Upgrade-knop met een pijl omhoog kan de speler upgrades uitvoeren met zijn munten, zoals de kans verdubbelen dat er twee personages spawnen in plaats van één en de spawlsnelheid verhogen. Met de Bonusknop kun je bonussen verdienen met advertentieweergaven. Met de knop Aanwezig kun je dagelijkse aanwezigheidsbeloningen verzamelen. Tot slot gebruiken ze de knop Verzamelen om hun verzameling vrijgespeelde personages te bekijken.
Het spel genereert ook willekeurig kisten die verschillende boostmogelijkheden bevatten. De speler kan de personages bijvoorbeeld vier keer zoveel goud laten produceren of drie keer sneller laten spawnen. Je hoeft alleen maar advertenties te bekijken om toegang te krijgen tot deze opties.
