Merge Flower is een casual match-3 en samenvoeg sorteerspel met een carrière simulatie element. De speler werkt in een plantenkwekerij aan een buitenbalie. Hun taak is om klanten te voorzien van specifieke hele bloeiende planten door bloesems op kleur en soort in de juiste volgorde te sorteren.
De speler krijgt een grote mix van bloesems op een groene muur in de onderste helft van het scherm. Ze moeten een keuze maken aan de hand van de bloempictogrammen die op de labels aan de zijkant van de potten van de klanten staan. Als ze de juiste bloemen kiezen in een groep van drie per pot, versmelten de bloemen met groene stelen en bladeren, vult het licht het scherm en verschijnen er vlinders. De klant vertrekt dan met zijn hele plant. De speler moet alle bloesems van de muur verwijderen om door te gaan naar het volgende level. Terwijl ze nieuwe levels verkennen, spelen ze nieuwe bloeiende planten vrij.
Merge Flower biedt de speler acht lege ruimtes boven het selectiegebied om wat ongewenste bloemen te verwijderen om de gewenste bloemen bloot te leggen. Als de speler geen ruimte meer heeft, kan hij de ad-upported prop-style boosters onder het gebied (zoals bloesems, een doos en een schaar) gebruiken om hem te helpen.
De speler hoeft de ruimtes echter niet zonder plan te gebruiken. Ze kunnen ook lagen verborgen bloesems zien in schaduwen achter de voorste bloesems, wat betekent dat ze strategisch de voorste bloesems kunnen selecteren om verborgen bloesems bloot te leggen. Als ze geen ruimte meer hebben, kunnen ze een video bekijken om een lege pot te openen en wat bloemen uit de ruimtes te verwijderen.
