Merge Blocks 3D is een driedimensionaal 2048 puzzelspel met ontspannende natuurkundige elementen. Het doel van de speler is om blokken samen te voegen tot ze een blok vormen dat overeenkomt met het nummer op een vlag die aan een vlaggenmast in het midden van een cirkelvormig, roterend platform hangt.
De speler rolt een projectielblok naar de vlaggenmast en andere blokken. Als twee blokken overeenkomen, smelten ze samen en ontstaat automatisch het nieuwe blok met het hogere nummer. Als de speler een blok maakt dat overeenkomt met de vlag, ontvangt hij munten en een op reclame gebaseerde muntenvermenigvuldiger. Kisten met gratis munten en andere schatten verschijnen op het platform tijdens het spel en elke keer dat de speler een level omhoog gaat. Ze ontvangen ook bonussen voor het voltooien van combinatiemanoeuvres.
Merge Blocks 3D biedt de speler de mogelijkheid om het thema van de blokken uit te breiden met andere vormen, zoals fruit. Er zijn ook boosters om het spel beter te maken, zoals een megafoon die het platform schudt om bijpassende blokken in elkaar te rollen, een magneet die bijpassende blokken samenvoegt ongeacht hun positie op het platform, en een kleurenbal die elk blok een level hoger brengt. De speler kan ook een bom gebruiken om een blok op te blazen dat in de weg staat om twee blokken samen te voegen.
