Mayan Marbles is een bubbelspel dat zich afspeelt in gebieden die ooit werden geregeerd door de Maya-beschaving. Op 25 locaties, waaronder dorpen, tempels, jungles en rivierlandschappen, probeert de speler knikkers met bubbels te verwijderen die aan een centrale paal met een gouden masker zijn bevestigd voordat de tijd om is. Ze proberen ook hoge bonuspunten te verdienen naast de standaardpunten.
De paal draait in verschillende richtingen met de knikkers erop bevestigd als een wiel. De speler gebruikt een gestileerde metalen pijlpuntschieter op een stenen platform om bijpassende knikkerprojectielen op het patroon af te schieten. Ze kunnen alleen groepen van drie of meer dezelfde knikkers schieten. Als dat niet lukt, wacht het spel tot een horizontale rode balk kleur verliest en worden er meer bubbels aan het wiel bevestigd. Als ze slagen, barsten de bubbels en komt er gekleurde rook vrij die vervolgens vervaagt.
Mayan Marbles toont de rode strafbalk, het huidige level en de huidige score van de speler op een houten paneel dat aan een stenen kolom rechts van het veld is bevestigd. Dit gebied wordt ook gebruikt om de timer weer te geven die aftelt tot nul.
