Maya Bubbles is een bubbelspel met 120 levels in drie scrollmaps met jungle en andere omgevingen. Het doel van de speler is om bellenknikkers uit zwevende gouden kluisjes te halen, een hoge score te halen en elk level vrij te spelen.
De speler voert deze taken uit door een masker als schutter te gebruiken. Ze vuren bijpassende knikkerprojectielen af op de knikkers die aan de lockboxen zijn bevestigd om groepen van ten minste drie van hetzelfde type (d.w.z. kleur en patroon) te maken. Het masker bevat altijd een projectiel boven op het hoofd en een apart projectiel in de mond. De speler kan de projectielen verwisselen als hij er een nodig heeft met een kleur die beter past bij de bevestigde knikkers.
In tegenstelling tot soortgelijke spellen geeft Maya Bubbles de speler geen tijd. In plaats daarvan worden de match-3-regels toegepast en wordt het aantal zetten per level beperkt. De speler houdt zijn resterende zetten bij linksonder in de shooter. Als ze een match uitvoeren, knallen de knikkers energiek omhoog. Als ze klaar zijn met het opruimen van alle knikkers, zweeft de lockbox naar beneden, ontgrendelt en onthult de sleutel tot het volgende level.
