Marble Bubble Legend is een samenvoegspel met Suika-gameplay en Zuma-ontwerpelementen. Op een met gras begroeid Meso-Amerikaans balspeelveld met stenen zijwanden gebruikt de speler een kikkerschieter die lijkt op de bubbelspellen van Zuma om steeds grotere knikkers te maken aan de andere kant van het veld. Ze proberen ook een hoge score en sterren te verdienen.
De kikkershooter heeft een hoofdknikkerprojectiel in zijn bek en een tweede zichtbaar op zijn rug. De speler krijgt een stippellijn waarmee hij kan richten op specifieke plekken aan de andere kant van het speelveld. De bubbel in de titel van het spel verwijst naar de manier waarop de knikkerballen als zwevende bubbels omhoog lijken te rollen vanwege de verticale schermlayout.
De speler kan de knikkers overal op de baan schieten, maar hij kan maar twee identieke bellen tegelijk laten samenkomen. Als ze toestaan dat niet-passende bubbels zich opstapelen en de stukken de onderkant van het scherm bereiken, verliezen ze en moeten ze opnieuw beginnen.
Marble Bubble Legend biedt verschillende hulpmiddelen om de speler te beschermen tegen verlies. Als de speler bereid is om advertenties te bekijken, kan hij de knop linksonder met het label AD gebruiken om de grootste knikker te verwijderen die nieuwe samenvoegingen voorkomt. Ze kunnen ook een schudknop rechtsonder gebruiken om de knikkers naar nieuwe samenvoegposities te schudden en een regenboogwervel multiball knop om een doelwit onmiddellijk samen te voegen en te laten evolueren. Ze kopen toegang tot de laatste twee knoppen met sterren die ze verdienen door de winkel van het spel te bezoeken en reclamevideo`s te bekijken.
