Magic Flow is een spel waarin vloeistoffen worden gesorteerd. De speler helpt een magische kat die eigenaar is van een winkel met drankjes om drankjes te maken met flessen gevuld met verschillende vloeistoffen die op basis van kleur in banden drijven. Ze moeten elk type sorteren totdat ze éénkleurige drankjes maken.
Het spel heeft twee speltypen (het speltype Verhaal en Eindeloze Uitdaging). In de verhaalmodus maakt de speler drankbestellingen in zakken in een verhaal per level. In de Eindeloze Uitdaging moeten ze vloeistoffen sorteren en flesjes vullen in een stelling totdat de tijd op een groene timerbalk op is. Elke voltooide fles voegt een paar extra seconden toe aan de klok, wat betekent dat ze theoretisch oneindig kunnen spelen. In beide scenario`s worden de voltooide drankjes automatisch in een zakje gestopt of opgeslagen.
Magic Flow biedt verschillende hulpmiddelen om de speler te helpen. Ze betalen voor deze hulp met munten of verzamelen deze als beloning voor het uitvoeren van specifieke acties, zoals dagelijkse check-ins en het bekijken van advertenties. Ze kunnen ook extra munten verdienen en hulpmiddelen vrijspelen door advertenties te bekijken. Daarnaast ontgrendelen advertentieweergaven extra lege flessen en bijpassende besteltassen in het speltype Story.
Een van de hulpmiddelen is een shuffle-booster waarmee de vloeistoffen in twee geselecteerde flessen in het speltype Verhaal en alle flessen in Eindeloze Uitdaging opnieuw worden gerangschikt. De speler kan ook een hinttool gebruiken om twee flessen met bijpassende vloeistoffen te onthullen en een tijdbooster om extra tijd toe te voegen aan de timer van de Eindeloze Uitdaging.