Link Flowers is een bijpassend spel in connect-stijl. De speler krijgt gemengde bloemen. Door de levels heen gebruiken ze een verbindingslijn om de bloemen binnen een beperkt aantal zetten aan elkaar te koppelen. Voor hun werk winnen ze sterren en munten.
In het spel kan de speler diagonaal, horizontaal en verticaal een verbindingslijn trekken op rasters of in elke richting in niet-rasterscenario`s zolang als nodig is. Ze maken verbindingen op basis van opdrachten die linksboven in het scherm worden weergegeven. Ze moeten bijvoorbeeld drie of meer bloesems op een grasveld met elkaar verbinden om alle bloesems, een bepaald aantal gemengde bloesems of een bepaald aantal bloesems van dezelfde soort te verwijderen. Het kan ook zijn dat ze alleen maar verbindingslijnen moeten trekken rond andere niet-matchende bloesems. In sommige levels moeten ze bijvoorbeeld paren bloesems in verschillende gebieden van een whiteboard met elkaar verbinden zonder lijnen te kruisen. Ongeacht het type spel, kunnen ze het aantal beschikbare zetten bijhouden in de rechterbovenhoek.
Link Flowers geeft de speler drie boosters waarmee hij zijn opdrachten sneller kan voltooien. In eerste instantie krijgen ze toegang tot een skeletachtige zwarte bom. Ze kunnen twee extra boosters vrijspelen op niveau 5 en niveau 10. Ze betalen om deze boosters te gebruiken met de munten die ze winnen aan het einde van elk level. Ze kunnen hun winsten aan het einde van een level vermenigvuldigen of op elk moment extra munten verdienen door reclamevideo`s te bekijken.
