Jewel Garden Story is een match-3 spel met een tuinrenovatiethema. Op een kronkelend pad van stapstenen voltooit de speler match-3-spellen in talloze levels in tuinen. Na elk succes verschijnen er nieuwe bloemen en andere voorwerpen in de buurt van de dichtstbijzijnde tuin, zoals bloembakken, bloeiende struiken, potplanten, kruiwagens en houten banken.
De juwelen in het spel zijn verschillende vormen gemaakt van edelstenen of schelpen. De vormen zijn onder andere een witte maansikkel, een gouden kroon, een blauwe tweekleurige cirkelvormige kraal en een groen blad. De speler voert opdrachten uit door drie of meer dezelfde vormen in een kolom of rij te plaatsen. Een taak kan bestaan uit het verzamelen van een bepaald aantal specifieke juwelen of voorwerpen in de buurt, zoals taarten, grasvelden of geschenkdozen.
De speler kan ook handige boosters maken die niet-matchende juwelen in één beweging verwijderen door vier of meer juwelen tegelijk te combineren. Ze kunnen bijvoorbeeld verschillende raketten en bommen maken. Ze kunnen ook boosters kopen en winnen.
Jewel Garden Story biedt de speler gratis extra dagelijkse dealmunten. Ze kunnen ook geld en boosterprijzen winnen via het gelukkige tuinwiel. Aan het einde van een match kunnen ze hun winsten vermenigvuldigen met een advertentieweergave. Tot slot biedt het spel bonusspel en winsten met een tijdaanval.
