Jewel Bubbles 3 is een match-3 spel met futuristische juwelen die eruit zien als heldere bubbels gevuld met wervelende gekleurde vloeistof. Het spel volgt de klassieke match-3 regels. De speler verwisselt twee juwelen om lijnen van drie of meer dezelfde juwelen te maken. Het spel verwijdert de lijn van het speelveld en nieuwe juwelen vallen naar beneden en glijden in openingen.
Het spel biedt 60 klassieke spelniveaus. Er is ook een optie voor vergrendeld bonusspel. De speler krijgt punten en sterren voor goede prestaties in elk level. Ze slagen alleen als ze de opdrachten voltooien die ze krijgen. Ze moeten bijvoorbeeld een bepaald aantal geldige beurten uitvoeren om een bepaald aantal punten te verdienen, grijze blokken achter de juwelen verwijderen of zoveel mogelijk juwelen van het veld verwijderen voordat de tijd op is.
Jewel Bubbles 3 biedt ook klassieke boosters die in het spel bommen worden genoemd. Als de speler lijnen van vier of meer dezelfde juwelen voltooit, ontvangt hij verschillende versies van deze krachtige hulpmiddelen, waaronder een diamanten juweel in een bubbel die tegelijkertijd een rij en kolom wegneemt, een wervelend centrum van stippen dat een rechthoek van zes juwelen of een vierkant van negen juwelen wegneemt, en een regenboogwerveling die alle juwelen wegneemt die overeenkomen met de kleur van de juweel waarmee de speler het op het veld verwisselt.
Als de speler geen keuze kan maken, kan hij de knop met het juwelenlabel linksonder gebruiken om een overeenkomst te onthullen.
