Jelly Run 2048 is een racepuzzelspel. De speler bestuurt kleurrijke, genummerde kubussen om parkour- en hardloopbewegingen uit te voeren met alleen linker- en rechterbesturingsbewegingen tijdens het spelen van levels en oneindigheid.
De speler bestuurt niet slechts één blokje. Ze kunnen samengevoegde blokjes verbinden en loskoppelen om verschillende doelen te dienen tijdens het rennen. Ze voegen gelijke kubussen samen om er meer te maken, zoals bij het klassieke 2048. Daarnaast verzamelen ze edelstenen terwijl ze obstakels omzeilen. Ze verdienen extra edelstenen als ze nieuwe levels vrijspelen.
Jelly Run 2048 biedt als kubusrenner veel actie en obstakels. De speler kan een kubus doormidden splitsen in twee gelijke kubussen en vervolgens de kubussen samenvoegen met gelijke kubussen of kubussen met een lager nummer absorberen. Vervolgens kan hij de twee kubussen samenvoegen tot een kubus met een hoger nummer.
Met enkele en gesplitste kubussen kan de speler ook niet-passende kubussen met een hoger nummer in nieuwe richtingen duwen of door obstakels duwen. Ze kunnen racebaanstructuren zoals gesplitste paden en hellingen gebruiken om ronddraaiende pilaren en wielen met spijkers, slingerende assen, rode reductiepoortjes en andere obstakels en bedreigingen te omzeilen. Daarnaast kunnen ze sleutels verzamelen om deuren te openen en groene poorten gebruiken om kubuswaarden te vermenigvuldigen.
Het spel biedt ook verschillende bonusrondes en side play-ervaringen. De speler kan bijvoorbeeld kiezen uit bouw- en mijnbouwopties.
