Jello Bubbles is een bubbelspel. Over de hele wereld heeft iemand beroemde monumenten aangevallen met enorme jello-bommen die elk monument met gelatine hebben bedekt. Om tijdens deze crisis te helpen, assisteert de speler een jonge vrouw die met jello gevulde ballen die aan tralies hangen moet laten knallen met behulp van match-3 manoeuvres.
Het belangrijkste doel van de speler is het voltooien van opdrachten. Ze moeten bijvoorbeeld alle bubbels uit het speelveld verwijderen of kleine vogels bevrijden die vastzitten in bubbels. Ze proberen ook de hoogste puntenscore en drie sterren per level te verdienen.
Het spel bevat een bellengooimachine voor elk oriëntatiepunt onder de hangende bellen. De machine bevat twee bubbelprojectielen tegelijk. De speler gebruikt een stippellijn om een projectiel te richten op twee of meer bij elkaar horende hangende bellen om de cluster te laten knappen. Anders richt hij op één bijpassende luchtbel om zich voor te bereiden op een toekomstig schot.
Jello Bubbles biedt ook de mogelijkheid om booster te spelen. Na verloop van tijd laden de acties van de speler een glitterende bellenbal op aan de rechterkant van het scherm. Als de bal vol is, kun je hem gebruiken om een groep gemengde bellen met explosieve kracht weg te schieten. Het spel stelt de speler uiteindelijk ook in staat om superbalboosters onder het speelveld vrij te spelen. Ze kunnen bijvoorbeeld een bom vrijspelen die een horizontale rij gemengde bellen verwijdert.
