Girl Surfer 3D is een racespel dat zich afspeelt in driedimensionale waterparken waar personages zwemmen, surfen en waterscooters gebruiken. Een meisje op ski`s getrokken achter een jetski heeft hulp nodig bij het manoeuvreren op de golven. De speler leidt haar door verticaal hangende gouden munten om de munten te verzamelen. Hij helpt haar ook andere meisjes te redden die vastzitten in het water en manoeuvreert om verschillende obstakels heen.
De zwemmers die door de speler worden gered, voegen zich bij de surfer achter de jetski om een piramide te vormen. De speler moet deze personages vervolgens helpen om de belangrijkste taken uit te voeren: meer munten verzamelen, meer meisjes redden en voorkomen dat ze tegen rotsblokken en andere objecten botsen.
Net als bij soortgelijke race- en rushspellen, zoals stickman en potlood rush-spellen, is Girl Surfer 3D voorzien van een vermenigvuldigingsspoor aan het einde van de run. De jetski racet een helling op en gooit de meisjes in de lucht en op de multiplierbaan. Het gebied waar de meisjes in het water landen op de baan verandert de mate van succes van de speler.
Het spel biedt de speler ook de mogelijkheid om het aantal gouden munten dat ze verzamelen te verhogen en later te gebruiken om skins te kopen die het uiterlijk van het meisje upgraden. Ze hoeven alleen maar naar een advertentie te kijken. Ze kunnen ook nieuwe skins uitproberen door naar advertenties te kijken.