Vlaggenpuzzel Jam: Collect Flags is een educatief puzzelspel met een match-3 sorteerelement. De speler selecteert smalle stroken stof in sets van drie om vlaggen te maken. Aan het eind van elk level krijgen ze de naam van het land dat door een vlag wordt vertegenwoordigd en een beloning in de vorm van gouden munten.
Het spel speelt zich af op een houten tafelblad met uitgesneden delen. In het midden van het speelveld krijgt de speler opgerolde of uitgerolde stroken stof in één vak. Ze moeten de stroken in de juiste volgorde selecteren om ze te laten passen bij een of meer vlaggen die als vervaagde afbeeldingen worden gepresenteerd in vakken boven aan de tafel.
Vlaggenpuzzel Jam: Collect Flags biedt de speler verschillende methoden om het sorteren van deze stroken te vergemakkelijken. De speler krijgt lege vakjes voor gerolde stroken. Ze gebruiken deze vakjes als vrije cellen wanneer ze een of meer stroken moeten verwijderen om gedeeltelijk verborgen stukken te onthullen. Aanvankelijk krijgen ze drie sleuven. Op niveau 10, 15, 21 en 28 worden er meer vrijgespeeld.
De speler krijgt toegang tot hulpmiddelen in de vorm van een booster onder het middengebied, zoals knoppen om het level te herladen, de laatste zet ongedaan te maken en te schudden. Ze betalen voor de toegang met de muntbeloningen. Ze kunnen hun beloningen aan het einde van elk level verdubbelen door video`s te bekijken.