Cute Cubes is een blokpuzzelspel met schattige antropomorfe kubussen in polyomino-vormen. Het doel van de speler in de verschillende speltypen en levels is om alle ongebruikte ruimtes op het speelveld op te vullen met de vormen.
Het spel biedt zes speltypen (Beginner, Gemakkelijk, Gemiddeld, Moeilijk, Super Moeilijk en Onmogelijk) met veel leuke, unieke levels om vrij te spelen. In elk level kan de speler alleen de ruimtes vullen met de vormenset die bij het speltype hoort.
De moeilijkheidsgraad neemt toe op basis van het aantal vormen dat de speler krijgt om de vakjes op te vullen. Bij Beginner krijgen ze drie tot vier vormen en kleine speelvelden. Hierdoor is het voor een speler gemakkelijker om de juiste locaties voor elk stuk te vinden omdat er weinig opties zijn.
Cute Cubes maakt het spel moeilijker door extra vormen toe te voegen aan latere levelsets, zoals 11 tot 12 vormen voor Super Hard en 13 tot 14 vormen voor Impossible. Het maakt de levels ook moeilijker door obstakels toe te voegen. De speler moet bijvoorbeeld van tijd tot tijd vormen plaatsen rond een of meer vaste stenen kubussen.
Het spel helpt de speler op verschillende manieren. De vormen zijn bijvoorbeeld niet plakkerig, wat betekent dat de speler een vorm zo vaak als hij wil op een beschikbare plek kan zetten. Je krijgt ook hints voor 50 munten per hint.
Als de speler het goed doet, ontvangt hij munten en sterren. Uiteindelijk krijgen ze ook cadeautjes.