Cups - Water Sort Puzzle is een informeel sorteerspel dat lijkt op balsorteerspellen, maar met een kleine twist. Een speler moet vloeistoffen van verschillende kleuren sorteren in flessen en andere containers in plaats van ballen in bijna 400 levels. Als ze erin slagen een container te vullen, knalt het spel een uitbarsting van confetti, sluit de container automatisch af met een kurk en verandert het water in een bruisend drankje.
De verschillende kleuren vloeistof drijven op elkaar in een container zonder zich met elkaar te vermengen. De speler sorteert de vloeistof door een bepaalde kleur vloeistof in een lege bak te gieten of in een bak waar dezelfde kleur boven drijft. Met elk succes ontgrendelt de speler nieuwe levels, maar het spel daagt hem uit door het aantal vloeistoffen en containers dat hij in dranken moet sorteren te verhogen. Het spel voorziet de speler van een handvol ongedaan te maken zetten om het gemakkelijker te maken om te winnen.
De speler verdient na verloop van tijd munten waarmee hij willekeurige containers in de Shop van het spel kan vrijspelen. Ze kunnen het bedrag dat ze verdienen verhogen door naar een advertentie te kijken om een vermenigvuldiger van beloningsmunten te ontvangen op een veelkleurig draaiwiel.