Cup Sort Puzzle 3D is een driedimensionaal sorteerspel met een drankenthema. Hoewel de titel verwijst naar bekers, begint het spel met blikjes. De speler sorteert drankblikjes in dozen. Als ze deze taak in elk level voltooien, onthullen ze een verzamelsticker voor een motorvoertuig of stadsgebouw die het spel overbrengt naar een stickerboek.
Dit spel lijkt op hardware- en draadsorteerspellen. Er is echter één groot verschil. De speler hoeft niet elk blikje te selecteren om het spel aan te zetten het in een bijpassend vakje te plaatsen. De blikjes vallen in glijbanen naar het midden van het scherm. Als de speler naast elkaar liggende blikjes selecteert, worden alle benodigde blikjes automatisch overgebracht naar een doosje met dezelfde kleur en hetzelfde logo. Als de speler echter een sectie met niet-bijpassende blikjes selecteert, wordt één blikje overgeplaatst naar één van de zes lege bakjes onder de goten.
Als de speler geen bakjes meer heeft, verliest hij het level. Als ze bereid zijn een advertentie te bekijken, kunnen ze op elk moment twee extra bakken vrijspelen om verlies te voorkomen. Ze kunnen ook een advertentie bekijken om verder te spelen nadat ze een kritieke fout hebben gemaakt. Ook op deze manier kunnen ze twee extra vakjes vrijspelen. Bovendien geeft het spel ze drie boosters onder aan het scherm om fouten te corrigeren en ongestoord verder te kunnen spelen.
Met Cup Sort Puzzle 3D kan de speler geen blikjes selecteren die aan alle kanten geblokkeerd zijn in een trechter. De speler kan alleen aan de onderkant selecteren, wat in het spel de voorkant wordt genoemd.
