Cube in Cube is een samenvoegspel met 2048 spelmechanismen. Op een trapsgewijs platform laat de speler gekleurde kubussen met getallen in verschillende richtingen op traptreden springen. Het belangrijkste doel is om identieke kubussen samen te voegen tot kubussen met een hoger nummer.
Het spel heeft een reddingsmodus en een eindeloze modus. In de reddingsmodus probeert de speler een persoon in een grote kooi boven vlammen te redden. Om deze persoon in elk level te helpen, moet je genoeg punten verdienen door gelijke kubussen samen te voegen om het doel in de linkerbovenhoek te bereiken. In de eindeloze modus probeert de speler de kubussen zo lang mogelijk samen te voegen en de hoogste score te halen. Als ze goed presteren, toont het spel hun score op het hoofdscherm naast een trofee.
Cube in Cube laat kubussen omhoog, omlaag, naar links en rechts springen op de treden van het platform. Als twee dezelfde kubussen samenkomen, ontstaat er een kubus met een hoger nummer. Twee kubussen van 16 maken bijvoorbeeld een kubus van 32. Als de speler probeert om een sprong naar een lege trede te maken, verliest hij punten. Na verloop van tijd voegt het spel ook extra kubussen toe aan het platform.
Uiteindelijk moet de speler proberen kubussen samen te voegen om de ongrijpbare 2048 kubus te bereiken en dan verder samen te voegen om te zien hoe hoog ze kunnen gaan.
