Cube Drop Puzzle is een blokjesspel met een tijdslimiet, vergelijkbaar met blokjesspellen. Op rasters van verschillende vormen en groottes in verschillende levels laat de speler kubusvormige personages in bijpassende gekleurde containers vallen. Ze moeten munten verdienen om toegang te krijgen tot hulpmiddelen waarmee ze kunnen winnen, extra levels kunnen ontgrendelen en nieuwe functies kunnen onthullen.
De speler schuift kleurrijke containers van verschillende grootte onder de voeten van de wachtende kubusfiguren. Deze unieke personen bewegen niet en dienen als obstakels.
Zodra de speler echter een open bak onder een of meer kubusfiguren plaatst, vallen de kubusfiguren erin en verdwijnen ze uit het raster. Als de speler alle personages met dezelfde kleur heeft verzameld, sluiten de deksels zich over de bovenkant van de container en verdwijnt deze volledig.
Cube Drop Puzzle geeft de timer in het midden weer. In sommige levels krijgt de speler veel tijd. In andere levels wordt de speler uitgedaagd om een groot aantal verschillend gekleurde kubusmensen te verzamelen met bijna geen tijd op de klok.
Het spel helpt de speler door booster-knoppen aan te bieden bij de levels 8, 12 en 16. De speler kan deze knoppen openen met de muis. De speler kan deze knoppen gebruiken met de munten die hij wint als hij een heel raster wegspeelt. Ze kunnen ook meer tijd toevoegen aan de klok. Indien gewenst kunnen ze hun winsten verhogen door naar advertenties te kijken.