Crystal Fairy is een tijdgebonden, match-3 puzzelspel dat zich afspeelt in een wereld met veel verschillende soorten kristallen die in grotten en bovengronds groeien. In 25 levels helpt de speler de Crystal Fairy magische wezens te laten groeien door dierenkaarten te verzamelen op borden vol kleurrijke juwelen. Ze proberen ook een extreem hoge score te halen.
De speler kan deze hulp alleen bieden via match-3 swap gameplay. Ze verwisselen twee niet-matchende juwelen om met één beweging een horizontale of verticale lijn van minstens drie dezelfde juwelen te maken. Met elke ruil schuiven ze stukjes van een dierenkaart, vergelijkbaar met puzzelstukjes, in kolommen naar het einde van het bord. Het spel verplaatst de stukjes vervolgens naar een paneel linksboven om de kaart opnieuw te vormen.
Ze moeten elke taak voltooien voordat de timer linksonder tot nul aftelt. In ditzelfde gebied kan de speler ook zijn score bijhouden.
Crystal Fairy heeft powerplay-mogelijkheden. Als de speler twee keer dezelfde kleur juwelen verwijdert in een niet onderbroken reeks, activeert het spel nuttige krachten met behulp van geladen kristallen die in het gebied rechtsboven verschijnen. Groene kristallen verwijderen willekeurig drie juwelen van het bord, paarse kristallen verwijderen er vijf in een plusvorm, gele kristallen voegen extra tijd toe, blauwe kristallen verwijderen één juweel onder een kaartstuk en rode kristallen verwijderen er negen.
