Cover Orange 2 is een logisch puzzelspel. In 60 levels gebruikt de speler zijn kennis van de natuurkunde om antropomorfe sinaasappels te helpen dekking te zoeken om de dodelijke regen te ontwijken die bij aanraking dodelijk is. Ze proberen ook een hoge score en drie sterren per level te verdienen.
Elke scène bevat een ingewikkeld scenario waarin een of meer sinaasappels dekking moeten zoeken onder geprefabriceerde houten planken of andere materialen terwijl verschillende dieren toekijken. De speler moet uitzoeken welke "truc" het beste werkt om bescherming te regelen. Ze moeten bijvoorbeeld een sinaasappel voor een krachtige ventilator laten vallen, zodat de lucht de sinaasappel in veiligheid brengt onder een plank.
De speler verdient de hoogste score en de meeste sterren als hij de oplossing heeft gevonden en de taak snel heeft voltooid. Terwijl de regenwolk van de linkerkant naar de rechterkant van het scherm drijft, moeten ze ook kijken of er een ster in de buurt van een dier verschijnt en deze selecteren voordat het dier de ster aan het zicht onttrekt. Als ze er niet in slagen om drie sterren per level te verdienen, kunnen ze een herlaadknop gebruiken om het opnieuw te proberen.
Cover Orange 2 biedt verschillende handige hulpmiddelen. De speler krijgt linksboven een semi-transparante preview van meerdere objecten die hij in een scène kan plaatsen. Je kunt linksonder snel vooruitspoelen om de wolk sneller te laten bewegen en rechtsonder snel vooruitspoelen om een level over te slaan.
