Cool Balls is een bubbelshooter met een uniek 2048 samenvoegelement. De speler gebruikt een geel kanon om kleurrijke, genummerde bubbelbalprojectielen in een container tegen dynamische gaswolken in de ruimte te schieten. Bij elk schot proberen ze bubbels met een hoger nummer te maken door dezelfde bubbels samen te voegen. Ze proberen ook munten te verdienen om boosters te kopen en zo lang mogelijk te spelen.
De speler schiet het eerste projectiel in de lege container. De bellenbal zweeft naar de top. De speler schiet vervolgens nog meer projectielen af. Rechts van de schutter zie je steeds een voorvertoning van de volgende vijf projectielen. Met deze informatie kan de speler zijn schoten plannen om de kans op samensmelting te vergroten.
Net als bij andere bubbelshooters gebruikt Cool Balls een kracht aan de bovenkant van de bak om alle bubbelballen in de bak naar een rode horizontale penaltylijn aan de onderkant te duwen. Als de ballen deze plek raken, is het spel afgelopen.
Om dit te voorkomen, moet de speler genoeg opeenvolgende keren schieten om energie op te bouwen waarmee hij een van de grijze platforms kan vernietigen die de neerwaartse actie veroorzaken. Als ze genoeg munten hebben verdiend, kunnen ze ook een booster kopen waarmee ze elk platform met één beweging kunnen verwijderen. In het spel krijgen ze toegang tot deze booster door een video te bekijken.
De speler houdt zijn gouden en zilveren munten bij in het gebied rechtsonder boven de voorbeeldprojectielen.
