Color Sort Puzzle is een sorteerspel. De speler sorteert gekleurde vloeistoffen in reageerbuisflesjes in verschillende levels, al dan niet getimed. Het doel is om alle vloeistoffen zo te sorteren dat elk flesje één kleur vloeistof bevat en punten te verdienen naast de rode hartjes in het midden bovenaan het scherm. Ze kunnen ook meer punten verdienen met een vermenigvuldiger en toegang tot handige speciale hulpmiddelen door reclamevideo`s te bekijken.
In de tijdmodus probeert de speler zo veel mogelijk kolven te sorteren en te vullen binnen een toegestane tijd van één minuut. Ze verliezen het spel als ze niet meer genoeg tijd kunnen verdienen om een level te voltooien. In het speltype levels sorteren ze de banden met gekleurde vloeistoffen in hun eigen tempo.
Color Sort Puzzle biedt verschillende hulpmiddelen om de speler te helpen. Ze kunnen hun zetten tot vijf keer toe ongedaan maken met de pijl terug in het midden onderaan het scherm. Ze kunnen extra flesjes aan het speelveld toevoegen. Ze kunnen ook een level overslaan met een pijl naar rechts. Als ze geen mogelijkheden meer hebben, kunnen ze 500 hartpunten uitgeven of reclamevideo`s bekijken om meer te krijgen.
In het spel kunnen ze hun hartpunten ook gebruiken om de kolven te upgraden naar verschillende formaten en stijlen containers en om het achtergrondthema te veranderen. Het spel begint met een nachtelijke hemel op de achtergrond. De speler kan deze bijvoorbeeld upgraden naar een helderblauwe lucht met wolken.
