Color Lines: Microbes is een logisch-puzzelspel gebaseerd op de klassieker Color Lines uit 1992. Het bevat hetzelfde bijpassende item-element, maar met de ballen omgevormd tot microben. Het enige doel van de speler is om zo lang mogelijk zo veel mogelijk microben te verwijderen van een tweekleurig, lichtblauw dambord.
Het spel begint met het toevoegen van slechts een paar microben aan het bord. Om deze microben te verwijderen, moet de speler vijf identieke microben op een rij, kolom of diagonaal plaatsen. Dit doet hij door eerst een microbe te selecteren en vervolgens een leeg vakje.
Het spel staat de speler echter niet toe om microben over geblokkeerde paden te bewegen. Een microbe kan alleen bewegen als er een duidelijk horizontaal of verticaal pad naar een nieuwe locatie is.
Kleurlijnen: Microbes biedt drie tijdbesparende hulpmiddelen. Rechtsonder wordt een voorbeeld getoond van de volgende microben die op het bord in celkweekschalen zullen verschijnen. Het plaatst niet-blokkerende rode sporen op paden om aan te geven waar toekomstige microben tijdens een beurt zullen verschijnen. De speler kan microben door of naar sporenvelden leiden. Het spel heeft ook een Undo Move-knop rechtsonder de celkweekschalen. Hiermee kan de speler slechts één beweging per keer ongedaan maken.
De speler kan zijn positie op een wereldwijd klassement bekijken door op het papier links van het bord te klikken. Ze kunnen knoppen onder deze lijst gebruiken om de muziek- en volume-instellingen aan te passen.
