Circus Bubbles is een getimed bellenblaasspel. Op 40 circuslocaties in dorpen, steden en dorpen in een koninkrijk gebruikt de speler een kanon om projectielen af te schieten op bellenballen die aan de bovenkant van elk speelveld hangen. Ze moeten proberen het veld leeg te spelen voordat de tijd om is.
Het spel markeert het voorgrondveld met een doorzichtige gele ruit. De achtergrond erachter verandert in verschillende locaties, zoals bij een zomers dorp en buiten de grote circustent tijdens de wintervakantie.
De speler kan de circuslocaties alleen bereiken via knoppen op een kronkelend pad door het platteland. Tijdens het spelen knallen ze groepen bij elkaar horende ballen die ten minste twee ballen en het projectiel bevatten.
De kanonschutter zorgt voor één primaire bal in het kanon en één secundaire links van het kanon. De speler kan deze ballen op elk moment verwisselen. Als de speler het kanon afvuurt, springt er onmiddellijk een groep bij elkaar horende ballen uit het kanon. Alle niet-matchende ballen die alleen met die groep zijn verbonden, vallen in een lawine en knallen in de lucht voordat ze de grond raken.
Circus Bubbles houdt het levelnummer, de score en de resterende tijd van de speler bij op de klok rechts van het veld. Het spel helpt de speler om sneller te schieten. Naast het verwisselen van kanonskogels, kan de speler schoten richten op de zijkanten van het gele vlak. Uiteindelijk krijgt hij boosters, zoals ronde zwarte bommen met brandende lonten. Omdat het spel soms een bellenbal in de rijen met kettingen vastzet, gebruikt de speler de bommen om die bellen te vernietigen.
Als de speler het goed doet, krijgt hij een tijdbonus. Ze hebben ook de mogelijkheid om op meerdere highscorelijsten te komen die toegankelijk zijn via het beginscherm.