Bubbles Flowers is een samenvoegspel in de Suika-traditie. In een grasveld op een mooie, warme dag laat de speler verschillende soorten bloemen in bubbels in een houten standaard met glazen wanden vallen om de bubbels samen te voegen tot nieuwe, grotere soorten bloemen. Het uiteindelijke doel is om alle bloemen te laten evolueren tot een grote zonnebloembel.
De speler krijgt twee bellen per keer. Het spel toont er één als voorvertoning in het gebied linksboven. De andere bevindt zich op een hoogte boven de standaard in voorbereiding op een val met een witte, naalddunne, verticale miklijn eronder. De speler kan bloemen alleen laten evolueren door een bel op een andere bel met hetzelfde type te laten vallen. Als ze een samenvoeging voltooien die resulteert in een nieuw type, verschijnt de bloem in zijn bel op een rij onder de standaard.
Bubbles Flowers biedt rechtsboven drie handige hulpmiddelen om het de speler gemakkelijker te maken de bloemen te laten evolueren. Met de bovenste knop kun je de druppelbel overslaan en de voorbeeldbel gebruiken. De bezemknop veegt een willekeurige bel weg en verwijdert deze uit de container. Met de derde knop, met verschillende bloemen in golvende lijnen, kun je de standaard schudden om bubbels te verplaatsen en samen te voegen.
De speler moet het schudtoestel alleen gebruiken als de bellen niet te hoog opgestapeld zijn. Bellen die uit de houder vallen, beëindigen het spel. Het schudgereedschap slaat soms een bubbel uit de bak. Het maakt niet uit hoe dit is gebeurd, het spel telt een bubbel die in het gras ligt als een verlies.