Bubble Tower is een casual bubbelshooter die lijkt op Bubble Tower 3D. In een driedimensionale omgeving verwijdert de speler patronen van bellenballen die aan cilindrische torens vastzitten door projectielen te gebruiken om bijpassende clusters te maken en te laten vallen. Ze moeten deze taak in elk level voltooien voordat de balprojectielen op zijn. Met elke overwinning verdienen ze munten en ontgrendelen ze nieuwe, uitdagendere levels.
Een level bestaat meestal uit een gladde, witte zuilentoren met ballen van verschillende kleuren die aan de zijkanten boven en in het midden hangen. Een enkel projectiel rust op een horizontale, bijpassende gekleurde band aan de onderkant van het scherm. Een tabblad linksonder geeft het aantal beschikbare projectielen weer.
De speler gebruikt zijn besturing om de toren naar links of rechts te draaien om de ballen met het laagste patroon op één lijn te brengen met de schutter. De speler kan de ballen alleen laten vallen als ze clusters van drie of meer dezelfde kleuren vormen.
Bubble Tower beloont de speler met de meeste munten als hij niet alle balprojectielen gebruikt. De munten helpen de speler om de ballen sneller te laten vallen met drie boosters onder de shooter die vrijkomen nadat ze bepaalde levels hebben bereikt.
