Bubble Shooter Witch Tower is een bubbelspel met een magisch thema. In een stenen toren waar een heks magische drankjes maakt, gebruikt de speler een ketel, twee verwisselbare projectielbellen en een richtlijn met een fluctuerende straal en een duidelijke doelbel als schutter. Het doel is om een jonge heks te helpen bij het renoveren van de oude toren door opdrachten uit te voeren waarbij je bubbels moet knallen. Ze verdienen ook munten, punten en tot drie heksenhoeden in plaats van de klassieke gouden sterren.
De heks kan de speler opdragen alle bellen van het speelveld te verwijderen, specifieke voorwerpen te verzamelen of zelfs schattige dieren te redden die vastzitten in bellen. Ze moeten bijvoorbeeld bellen laten knappen die in horizontale rijen hangen of bellen die als een wiel rond een centrale paal draaien.
De speler laat bellen knappen door met de projectielen clusters van drie of meer dezelfde bellen te maken op basis van de kleur van de bellen. Ze kunnen de lijn rechtstreeks op de bellen richten of tegen de zijmuren. Als de bubbels knappen, verdient de speler punten voor de overeenkomstige cluster en eventuele niet-overeenkomstige clusters die er alleen mee verbonden waren. Aan het eind van een level verdienen ze hogere punten voor overgebleven projectielen.
Bubble Shooter Witch Tower bevat ook verschillende oplaadbare boosters. De speler kan bijvoorbeeld een sparkle opladen en gebruiken om een grote groep gemengde bubbels uit te schakelen. Daarnaast biedt het spel dagelijkse beloningen en spin-wheel beloningen en andere opties om boosters, munten en schatkisten te verzamelen. In sommige gevallen moet de speler reclamevideo`s bekijken om deze beloningen te accepteren, te vermenigvuldigen of te gebruiken.