Bubble Shooter Hexagon is een tijdgebonden bubbelshooter met een prehistorisch thema. In de buurt van een schemerig meer in een vallei gevormd door hoge kliffen, tussen steile rotswanden en een aantal sparren en andere bomen, gebruikt de speler een pijlschieter gevormd door een stuk draad om zeshoekige projectielen met patronen af te schieten op rijen bubbels. Hun doel is om clusters van drie of meer van hetzelfde type te vormen. In 48 levels proberen ze de hoogste score te halen voordat de tijd op is of de bubbels naar de bodem glijden.
De glanzende zeshoekige bellen knallen niet meteen. In plaats daarvan, als de speler een cluster creëert, worden alle overeenkomende bubbels kleiner, vallen ze uiteen in kleinere bubbels en verdwijnen ze. Ze kunnen rechtstreeks op de rijen schieten of moeilijk zichtbare zijmuren gebruiken voor schuine schoten. Daarnaast kunnen ze niet-matchende bellen verwijderen door een cluster te maken die verbonden is met de niet-matchende bellen. Deze lawinemanoeuvre verwijdert meerdere overeenkomende en niet overeenkomende zeshoekige bellen in één schot.
Bubble Shooter Hexagon beloont de speler met standaard- en tijdbonuspunten. Met de tijdbonus ontvangt hij 10 punten voor elke seconde die overblijft aan het einde van een level. Als ze bijvoorbeeld nog 14 seconden over hebben, krijgen ze 140 punten. Maar als ze het level niet op tijd uitspelen, moeten ze een reclamevideo bekijken om verder te gaan of helemaal opnieuw beginnen.
