Bubble Shooter: Dream Zoo is een bubbelspel. De speler helpt een meisje in een bergachtig gebied hangende bubbels in de vorm van dierenhoofden te laten knappen. Ze verzamelen ook sterren en andere winsten.
In het spel staat het meisje naast een zwevende ringshooter die twee verwisselbare projectielen tegelijk afvuurt. Het totale aantal projectielen dat de speler per level kan gebruiken wordt beperkt door een getal in het midden van de ring. Als de speler met succes een bom rechts van de schutter laadt, ontvangt hij een derde verwisselbaar geladen bommenprojectiel.
De speler gebruikt zijn schutter op verschillende manieren. Als hij op twee of meer bij elkaar horende koppen schiet, vormen deze een cluster die knalt. Niet-passende koppen die alleen met de cluster zijn verbonden, vallen in een lawine en verdwijnen vervolgens in de buurt van de schutter. Met geladen bommen kan de speler alle hoofden in een bepaald ontploffingsgebied laten knallen. Er knallen ook hoofden in scenario`s met speciale bubbels.
Bubble Shooter: Dream Zoo biedt verschillende soorten speciale bubbels. Er zijn bijvoorbeeld energiebommen die ontploffingen veroorzaken in kettingreacties. Daarnaast zijn er regenboogbellen die energie afgeven en alle hoofden laten knallen die overeenkomen met een projectiel. Als de speler genoeg bubbels laat knappen door een van beide soorten te raken met een opgeladen bom, kan hij soms een geheel nieuwe opgeladen bom genereren met één slag.