Bubble Shooter Arena is een bubbelspel dat gebruikmaakt van de populaire Zuma-mechanieken. Het bevat ook een competitief element. In een droog, woestijnachtig gebied vernietigt de speler treinen op sporen die zijn gemaakt van rollende bellenballen terwijl hij langs oude bouwwerken en drinkplaatsen reist. De speler probeert zoveel mogelijk punten en munten te verdienen en speciale prestaties neer te zetten. In eindbazenlevels proberen ze ook de tijden van andere spelers te verslaan en op de klassementen te klimmen.
De speler krijgt een kikkerschieter en een richtkruis waarmee hij precisieschoten kan maken. In de shooter krijgen ze een primair bubbelbalprojectiel in de bek van de kikker en een secundair projectiel in zijn hoofd. Om nooit een schot te verspillen, kunnen ze deze twee projectielen op elk moment verwisselen. Als er geen lucifer op de trein is, kunnen ze ook een projectiel aan de zijkant wegschieten.
Het spel staat de speler alleen toe om clusters van drie of meer dezelfde bubble balls te laten knallen die het projectiel bevatten. Als een cluster knalt, stoppen de ballen ervoor meestal met vooruit rollen. Als de ballen in die helft overeenkomen met de voorkant van de achterste helft, rolt het spel de voorkant in de achterkant en knallen de overeenkomende bubbels automatisch uit elkaar.
Bubble Shooter Arena eindigt het spel als de speler de trein een wervelend portaal aan het einde van de baan laat bereiken. De speler kan de bellenballen echter sneller laten knallen met power-up boosters. Met munten of advertentieweergaven kan de speler explosieve zwarte bommen en vuurballen, raketten en sneeuwvlokken gebruiken die de tijd stoppen.
