Bubble Monster is een bubbelshooter die zich afspeelt in een moeraswereld waar monsters wonen. In 40 omgevingen overdag en `s nachts moet de speler hangende bellen in passende groepen laten barsten met een pijlpuntschieter en projectielen voordat de mogelijkheden op het speelveld of de tijd opraken. Ze proberen ook een hoge score te behalen onder spelers over de hele wereld.
De bubbels hebben niet alleen kleuren, maar ook symbolen. Veel voorkomende symbolen zijn blauwe sterren, groene klavertjes, gele maantjes en rode hartjes. De heldere, glanzende bubbels, samen met een bijna perfecte schutter, maken het voor de speler gemakkelijk om directe en hoekschoten te gebruiken om clusters te maken met projectielen en bijpassende groepen bubbels. Als ze een cluster vormen, barsten die bubbels en de niet-matchende bubbels die er alleen aan vastzitten explosief uiteen en veranderen ze in kleurrijke rookwolken die vervagen.
Bubble Monster biedt boosters als de speler opeenvolgende treffers maakt. Ze ontvangen bijvoorbeeld een ronde zwarte bom waarmee ze een groep niet-matchende bubbels kunnen laten ontploffen of iets dat op het speelveld is geblokkeerd, zoals een bubbel of bubbels die in gesloten kettingen zijn gewikkeld.
De speler kan zijn gecombineerde standaard en bonus, het huidige level en de resterende tijd bijhouden in de mond van een gehoornd monster aan de rechterkant van het scherm.