Bubble Master is een bubbelschietspel dat gebruik maakt van bubbels die zich gedragen als stuiterballen. De speler moet ketens van drie of meer bubbels laten knappen met behulp van een stippellijn, een ringschieter en projectielen. Het spel heeft geen timer. In plaats daarvan kun je eindeloos spelen. De speler moet de bubbels zo snel mogelijk verwijderen om te voorkomen dat de rijen naar de bodem van het speelveld glijden.
Alle bubbels onder de ketting vallen, stuiteren rond en vallen in gloeiende gaten in de grond die gemarkeerd zijn met puntenniveaus. De bijbehorende punten veranderen naarmate het spel meer kleuren bubbels toevoegt. De gaten beginnen bijvoorbeeld van links naar rechts met 60 | 120 | 300 | 120 | 60. Nadat het spel gele bubbels toevoegt, worden de gaten bijgewerkt tot 50 | 100 | 250 | 100 | 50.
De speler kan de bovenste projectielbubbel in de shooter schieten of deze verwisselen met een tweede bubbel die beter overeenkomt met de dichtstbijzijnde twee of meer bubbels. Als ze achtereenvolgens kettingen maken zonder dat deze worden verstoord, kunnen ze boosters verdienen waarmee ze sneller meer bubbels kunnen verwijderen. Ze kunnen bijvoorbeeld een bombel of een laserstraalbel gebruiken om grote gebieden met overeenkomende en niet overeenkomende bellen te verwijderen.
Bubble Master beloont de speler met extra boosters en punten voor het uitvoeren van bepaalde taken. Ze krijgen een beloning als ze bepaalde puntenniveaus bereiken. Ze kunnen ook beloningen krijgen als ze naar advertenties kijken.