Bubble Dropper is een bubbelspel met een unieke speelmethode. In plaats van een klassieke lay-out met een aanwijzende shooter die gericht is op bubbels die in rijen hangen, heeft het een gat in het midden dat kleurrijke standaard en power booster bubbels op een centrale paal laat vallen die als een wiel ronddraait.
De speler richt en schiet niet op de bubbels op het wiel. Ze gaan op zoek naar match-3 en booster-mogelijkheden en draaien het wiel door naar links en rechts te schuiven over een horizontale ketting onder in het scherm. Deze acties zorgen ervoor dat twee verhulde figuren de ketting verplaatsen met handmatige lieren. Het doel van de speler is om alle bubbels van de paal te verwijderen en de hoogste basis- en tijdbonusscores te behalen in 100 levels.
Bubble Dropper confronteert de speler met veel verschillende obstakels, zoals ijs dat de kleuren van de bubbels verbergt en massieve, niet te verwijderen stenen. Hoewel powerbubbels helpen bij het oplossen van sommige van deze uitdagingen, worden de boosters niet gegenereerd door de acties van de speler of aangeboden als aparte opties.
Het spel laat willekeurig powerbubbels vallen uit hetzelfde gat als de standaard gekleurde bubbels. Veelvoorkomende krachten zijn vlammen die clusters van gemengde bubbels wegbranden, bliksemschichten die alle bubbels met dezelfde kleur verwijderen, portalen die een of meer bubbels van elke kleur uit het speelgebied wegtrekken, regenboogkleurige draaikolken die in bijpassende bubbels veranderen en sterren die alle overgebleven bubbels en andere voorwerpen verwijderen.