Block Puzzle Tropical Story is een blokpuzzelspel. Op een tropisch eiland moet de speler horizontale en verticale lijnen van negen blokken en subrasters vormen op 9x9 Sudoku-achtige borden met behulp van polyomino-vormen om naar verschillende gebieden van het paradijs te reizen. Ze moeten ook items van individuele blokken verwijderen en andere opdrachten uitvoeren.
Bij elk level krijgt de speler instructies om specifieke doelen te bereiken, zoals een specifiek aantal hele bosbessen, kokosnoot- en kiwihelften, watermeloenplakken of andere soorten fruit. Zodra ze een doel hebben bereikt, gaan ze naar het volgende level. Ze moeten 10 levels voltooien om naar de volgende locatie te gaan.
De speler ontvangt de polyomino-vormen op een linkerpaneel in sets van drie. Ze moeten alle vormen gebruiken voordat ze toegang krijgen tot extra vormen. Als de ruimte op een bord begint op te raken, kunnen ze boosters gebruiken om ongewenste blokken te verwijderen. Met een rotator kunnen ze een vorm op het paneel draaien. Met een raketbooster kunnen ze tegelijkertijd een verticale lijn en een horizontale lijn verwijderen. Een bom ten slotte verwijdert meerdere blokken in een ontploffingsradius.
Block Puzzle Tropical Story beloont de speler met munten. Als ze de levels op een locatie uitspelen, krijgen ze een cadeau met extra hartlevens en boosters. Ze kunnen ook meer munten verdienen door reclamevideo`s te bekijken. Met de munten kunnen ze op elk moment tijdens het spelen van een level boosters kopen.