Ball Sort is een sorteerspel waarin klassiek wordt gespeeld met reageerbuizen in een laboratorium. De speler sorteert kleurrijke ballen in bijpassende stapels in kolven. Het doel is om nieuwe levels vrij te spelen en zoveel mogelijk munten te verdienen.
Elk level bevat twee of meer reageerbuizen of andere kolven gevuld met stapels ballen van verschillende kleuren. De speler herschikt de ballen door lege kolven en gedeeltelijke openingen boven enkele kortere gemengde stapels te gebruiken. Hoewel ze een bal of korte stapel van elke kleur in een lege erlenmeyer kunnen plaatsen, kunnen ze alleen een of meer bijpassende gekleurde ballen verplaatsen naar de opening boven een bestaande stapel. Ze kunnen bijvoorbeeld alleen een blauwe bal in een opening boven een andere blauwe bal plaatsen. Het spel splitst automatisch elke stapel van één kleur die groter is dan de ruimte tussen de gaten.
De speler maakt ook gebruik van boosters, waaronder een kolf-icoontje waarmee een deel van een kolf of een hele kolf aan het speelveld wordt toegevoegd, een halfronde pijlknop waarmee je een level opnieuw kunt laden, een openingsknop waarmee je tijdelijk een flipdeur in de bodem van een kolf kunt plaatsen en een pijltje terug waarmee je een vorige zet ongedaan kunt maken. In sommige levels krijgen ze ook een hintbooster met een vergrootglas en een vraagteken waarmee tijdelijk alle ballen worden onthuld die achter zwarte verf verborgen zitten.
Ball Sort beloont de speler met munten aan het einde van een level. De speler verdient ook munten met drie-win geschenkdozen, sterrenschatkisten, dagelijkse uitdagingen, dagelijkse bonussen en prestaties van nieuwe titels. Ze kunnen extra munten verzamelen door reclamevideo`s te bekijken. Vervolgens gebruiken ze hun munten om de bal, kolf en achtergrondontwerpen te upgraden. Ze kunnen bijvoorbeeld lollies, voetballen, hartjes, strandballen en andere skins voor de ballen kiezen.
