Animal Merge: Bubble Shooter is een samensmeltingsspel dat gebruikmaakt van bubbelshooter-mechanieken. De speler moet de bubbels zo richten dat ze bij elkaar passen om verborgen dieren te onthullen en doelen per level te halen.
De bubbels werken als ballen die tegen andere bubbels en de zijwanden stuiteren. In het begin krijgt de speler bubbels met horizontale witte lijnen die de dieren verbergen. Ze voegen deze ballen samen op basis van de kleur die contrasteert met de lijnen. Ze kunnen bijvoorbeeld een bubbelbal met grijze en zwarte kleuren en witte lijnen naar een andere bal sturen om een panda te onthullen. Ze herhalen dit proces met nog twee bijpassende gelijnde ballen. Nadat ze twee identieke dieren in bellen hebben onthuld, schieten ze de ene naar de andere.
Animal Merge: Bubble Shooter geeft de speler een beperkt aantal zetten. De speler kan het resterende aantal aan de linkerkant van het scherm boven het verzamelgebied in de gaten houden. Als het niet lukt om de witte lijnen te verwijderen door bubbels naar niet-matchende bubbels te schieten, verschijnen er meer bubbels op het speelveld.
Het spel helpt de speler met verschillende hulpmiddelen om bubbels te verzamelen, zoals bommen die ontploffingen veroorzaken waardoor bubbels naar nieuwe posities worden verplaatst, magneten waarmee automatisch dieren worden verzameld en vergrootglazen waarmee overeenkomende bubbels worden samengetrokken om dieren te onthullen en te verzamelen. De speler heeft ook de beschikking over een driepijlenlijn om beter te kunnen richten tijdens het schieten, wervelende portalen om bubbels hoger of lager in het veld te plaatsen en breekbare houten kisten die extra bubbels onthullen om ze sneller te kunnen verzamelen.
