Mysterious Pirate Jewels 3 è un gioco a tempo, di tipo connect, match-3, caratterizzato da una griglia di forme esagonali. In 45 livelli, il giocatore collega e rilascia i gioielli, noti anche come esagoni, dalla griglia in gruppi per rompere e rimuovere gli sfondi colorati. Gli obiettivi principali sono guadagnare punti standard e bonus attraverso le partite prima dello scadere del tempo e completare tutti i livelli.
Ci sono due modi di giocare.
Invece di utilizzare un numero limitato di linee di collegamento, il giocatore collega tre o più gioielli uguali con frecce colorate in qualsiasi direzione. Quando il giocatore completa un abbinamento, il gioco fa scomparire gli esagoni corrispondenti sotto forma di scintille e riempie gli spazi vuoti sulla griglia con nuovi esagoni. Il gioco rimuove immediatamente il colore di sfondo rosa dalla griglia. Con qualsiasi altro colore, come il blu, rimuove solo il colore superiore. Il giocatore deve eseguire un`altra partita per rimuovere il rosa.
Ci sono due carte da gioco
Mysterious Pirate Jewels 3 carica diversi booster nell`angolo in basso a destra dopo il completamento di ogni partita. Il giocatore può utilizzare una freccia indietro per annullare l`ultima mossa. Col tempo, lo stesso pulsante si trasforma in due frecce che mescolano le tessere. Il giocatore può anche trascinare un martello sulla griglia per liberare i gioielli abbinati e non abbinati.
Ci sono anche due pulsanti che si trasformano in due frecce che mescolano le tessere.
Durante il gioco, gli spazi si riempiono di oggetti speciali, tra cui esagoni ovali color arcobaleno che agiscono come jolly per abbinare qualsiasi gioiello, una palla ovale luminosa che agisce come un fulmine per rimuovere tutti gli esagoni che corrispondono al suo colore e una clessidra che aggiunge altro tempo all`orologio.