Water Color Sort est un jeu de tri. Le joueur doit utiliser ses capacités de raisonnement pour déterminer les meilleures actions à entreprendre pour trier des bandes d`eau colorée dans des tubes à essai. Le jeu est similaire aux jeux de tri de balles qui utilisent des balles à la place de l`eau colorée. Il comporte un total de 40 niveaux. Le joueur doit accomplir une tâche dans un niveau pour débloquer le niveau suivant. Le joueur ne peut transférer qu`une seule bande d`eau colorée dans un tube vide ou dans un tube contenant une couleur assortie, isolée ou superposée à des couleurs non assorties. S`il commet une erreur, il a cinq chances d`annuler un mouvement précédent à l`aide d`un bouton d`annulation marqué d`une flèche pointant vers la gauche et d`un chiffre. Il lui suffit de cliquer ou d`appuyer sur le bouton en haut de l`écran marqué d`une flèche incurvée vers l`arrière. Il peut également ajouter une éprouvette supplémentaire au champ de jeu à l`aide d`un bouton situé dans le coin supérieur droit et marqué d`un signe plus et d`une icône d`éprouvette.
Il est important de noter que le jeu augmente le nombre et les nuances de couleurs à chaque nouveau niveau. Le joueur doit penser stratégiquement pour découvrir la bonne combinaison de mouvements nécessaires pour accomplir la tâche.