Space Zoo est un jeu de puzzle qui met en scène des animaux sous forme de polyominos. Le joueur doit empiler les formes qui tombent pour former des structures en forme de tour sur une plateforme flottante dans trois modes de jeu (Empiler, Survivre et Attraper). Lorsque le joueur réussit, il gagne des points et des pièces. En mode Empilement, le joueur place autant d`animaux que possible avant que les blocs ne s`empilent de façon désordonnée et ne traversent une ligne laser verte émise par deux générateurs situés au-dessus de la plateforme. En mode Survie, ils empilent des formes jusqu`à ce qu`ils n`aient plus de vie. En mode Attraper, ils empilent rapidement les animaux avant qu`une substance étincelante qui remplit l`écran depuis le bas n`atteigne le sommet de la pile. Dans les trois modes, le joueur perd des points et des vies lorsque les blocs tombent sur le côté de la plateforme.
Space Zoo fournit au joueur des outils utiles pour l`aider à empiler des blocs. Il peut faire pivoter et glisser les blocs en position. Le jeu affiche également une colonne verticale de lumière pour aider le joueur à mieux voir sur l`arrière-plan sombre et étoilé.