Mayan Marbles est un jeu de bubble-popping qui se déroule dans les régions autrefois gouvernées par la civilisation maya. Dans 25 lieux (villages, temples, jungles et rivières), le joueur tente de retirer les billes fixées à un poteau central orné d`un masque doré avant qu`il ne soit trop tard. Ils tentent également de gagner des points bonus élevés en plus des points standards.
Le poteau tourne dans différentes directions avec les billes qui y sont fixées, comme une roue. Le joueur utilise un lanceur de flèches en métal stylisé sur une plate-forme en pierre pour tirer des projectiles de billes correspondantes sur le motif. Il ne peut tirer que des groupes d`au moins trois billes correspondantes. En cas d`échec, le jeu attend qu`une barre rouge horizontale perde de sa couleur, puis ajoute d`autres bulles à la roue. S`ils réussissent, les bulles éclatent et libèrent de la fumée colorée qui s`estompe ensuite.
Mayan Marbles affiche la barre de pénalité rouge, le niveau actuel et le score actuel du joueur sur un panneau de bois fixé à une colonne de pierre à droite du terrain. Il utilise également cette zone pour afficher le compte à rebours jusqu`à zéro.