Maya Bubbles est un jeu de bulles qui comprend 120 niveaux répartis sur trois cartes de jungle et d`autres environnements. Les objectifs du joueur sont de retirer les bulles des boîtes dorées flottantes, de gagner un score élevé et de débloquer chaque niveau.
Le joueur accomplit ces tâches en utilisant un masque comme tireur. Il tire des projectiles de billes assorties sur les billes attachées aux boîtes de verrouillage afin de former des groupes d`au moins trois billes du même type (c`est-à -dire de la même couleur et du même motif). Le masque contient un projectile au sommet de la tête et un autre dans la bouche à tout moment. Le joueur peut échanger les projectiles lorsqu`il a besoin d`un projectile dont la couleur correspond mieux aux billes attachées.
Contrairement à d`autres jeux similaires, Maya Bubbles ne chronomètre pas le joueur. Au lieu de cela, il applique les règles du match-3 et limite le nombre de mouvements par niveau. Le joueur suit ses mouvements restants dans le coin inférieur gauche du tireur. Lorsqu`il effectue une correspondance, les billes éclatent énergiquement. Lorsqu`il a fini d`éliminer toutes les billes, la boîte de verrouillage descend, se déverrouille et révèle la clé du niveau suivant.