Jelly Quest Mania est un jeu de match 3 qui se déroule sur une île comportant des zones de température chaude et froide. Comme pour les jeux similaires, le joueur relie trois objets ou plus du même type, dans ce cas des gelées colorées, pour les retirer d`un plateau. Il doit collecter un certain nombre de différents types de gelées affichés dans le coin supérieur droit de l`écran, comme des étoiles bleues, des cercles orange et des fleurs violettes, avant de manquer de temps.
Le jeu change la forme du plateau à différents niveaux, ce qui signifie que le joueur peut avoir besoin de contourner des espaces qui n`ont aucune forme attachée. Il enferme également certaines gelées sous des barres métalliques. Lorsque cela se produit, le joueur ne peut pas déplacer ou utiliser les gelées jusqu`à ce qu`il les débloque en effectuant des connexions autour d`elles (c`est-à -dire en déplaçant deux gelées correspondantes en position contre celle qui est bloquée). Certaines gelées changent également d`apparence car elles se retournent dans leurs espaces sur le plateau.
Si le joueur n`a plus de mouvements, le jeu réorganise automatiquement les positions de toutes les formes de gelées. Il offre aussi éventuellement au joueur la possibilité d`acheter et d`utiliser des boosters, comme un marteau qui n`enlève qu`une seule gelée à la fois. Si le joueur gagne, il reçoit jusqu`à trois étoiles dorées et des pièces.