Crystal Fairy est un jeu de puzzle match-3 chronométré qui se déroule dans un monde où de nombreux types de cristaux poussent dans les grottes et en surface. Sur 25 niveaux, le joueur aide la Crystal Fairy à faire pousser des créatures magiques en collectant des cartes d`animaux sur des plateaux remplis de joyaux colorés. Il tente également d`obtenir un score extrêmement élevé.
Le joueur ne peut apporter son aide que par le biais d`un jeu de correspondance. Ils échangent deux joyaux non assortis pour créer une ligne horizontale ou verticale d`au moins trois joyaux assortis en un seul mouvement. Chaque échange les aide à faire glisser les pièces d`une carte d`animal, semblables à des pièces de puzzle, le long des colonnes jusqu`à l`extrémité du plateau. Le jeu déplace ensuite les pièces vers un panneau en haut à gauche pour reformer la carte.
Les joueurs doivent accomplir toutes les tâches avant que le chronomètre situé dans la partie inférieure gauche ne se mette à zéro. Le joueur peut également suivre son score dans cette même zone.
La fée de cristal offre des possibilités de jeu de puissance.
Crystal Fairy offre des possibilités de jeu de puissance. Lorsque le joueur retire deux fois des joyaux de la même couleur dans une série ininterrompue, le jeu active des pouvoirs utiles à l`aide de cristaux chargés qui apparaissent dans la zone supérieure droite. Les cristaux verts retirent trois joyaux du plateau au hasard, les cristaux violets en retirent cinq en forme de plus, les cristaux jaunes ajoutent du temps supplémentaire, les cristaux bleus retirent un joyau sous un morceau de carte et les cristaux rouges en retirent neuf.
