Butterfly Kyodai HD est une version haute définition du célèbre jeu de correspondance de type connect qui met en scène une grande variété d`ailes de papillons sur une grille en pierre au milieu d`un bassin d`eau. Le but du joueur est d`éliminer toutes les ailes du plateau en les associant par paires. Si le joueur ne parvient pas à éliminer toutes les paires d`ailes avant la fin du temps imparti, il perd la partie. Le joueur ne peut jumeler que des ailes correspondantes qui se trouvent l`une à côté de l`autre à l`intérieur ou sur les bords du plateau, ou qui ne sont pas bloquées par des ailes non correspondantes. La première aile sélectionnée s`illumine en blanc et émet des impulsions à l`endroit où elle se trouve sur le plateau avant que le joueur ne l`associe à une deuxième aile. Lorsqu`il réussit à faire correspondre une paire d`ailes, les ailes glissent ensemble pour former un papillon.
Butterfly Kyodai HD propose deux outils qui aident le joueur à trouver les correspondances sur le plateau. Avec le bouton baguette magique, le jeu sélectionne deux ailes correspondantes, les surligne en vert et les fait pulser à leur place. Avec le bouton à double flèche, le jeu réarrange toutes les ailes pour offrir au joueur plus d`opportunités de correspondances.