Bubble Tower est un jeu de tir à bulles décontracté similaire à Bubble Tower 3D. Dans un environnement tridimensionnel, le joueur élimine des motifs de boules de bulles attachées à des tours cylindriques en utilisant des projectiles pour créer et faire tomber des groupes de boules correspondantes. Il doit accomplir cette tâche à chaque niveau avant d`être à court de projectiles. Il gagne des pièces et débloque de nouveaux niveaux plus difficiles à chaque victoire.
Un niveau se compose généralement d`une tour à colonnes blanches et lisses, avec des boules de différentes couleurs suspendues sur les côtés, près du sommet et du centre. Un seul projectile à la fois repose sur une bande horizontale de couleur assortie près du bas de l`écran. Un onglet dans le coin inférieur gauche affiche le nombre de projectiles disponibles.
Le joueur utilise ses commandes pour tourner la tour vers la gauche ou la droite afin d`aligner les boules les plus basses avec le tireur. Le joueur ne peut faire tomber les boules que lorsqu`elles forment des groupes d`au moins trois boules de couleur identique.
Bubble Tower récompense le joueur qui a le plus de pièces lorsqu`il n`utilise pas tous ses projectiles. Les pièces aident le joueur à faire tomber les boules plus rapidement grâce à trois boosters situés sous le tireur qui se débloquent après avoir atteint des niveaux spécifiques.