Bubble Shooter Hexagon est un jeu de bulles chronométré sur le thème de la préhistoire. Près d`un lac au crépuscule, dans une vallée formée de hautes falaises, parmi des parois rocheuses abruptes et quelques sapins et autres arbres, le joueur utilise un lance-flèches formé d`un morceau de fil de fer pour tirer des projectiles à motifs hexagonaux sur des rangées de bulles. Son objectif est de former des groupes d`au moins trois bulles du même type. Dans 48 niveaux, ils tentent d`obtenir le score le plus élevé avant que le temps ne s`écoule ou que les bulles ne glissent vers le bas.
Les bulles hexagonales brillantes n`éclatent pas immédiatement. Au contraire, lorsque le joueur crée une grappe, toutes les bulles correspondantes diminuent de taille, se séparent pour devenir plus petites, puis disparaissent. Les joueurs peuvent tirer directement sur les rangées ou utiliser les murs latéraux difficiles à voir pour effectuer des tirs obliques. En outre, ils peuvent éliminer les bulles non assorties en créant une grappe reliée aux bulles non assorties. Cette manœuvre d`avalanche permet d`éliminer plusieurs bulles hexagonales correspondantes et non correspondantes en un seul coup.
Bubble Shooter Hexagon récompense le joueur avec des points de bonus standard et de temps. Avec le bonus temps, il reçoit 10 points pour chaque seconde restante à la fin d`un niveau. Par exemple, s`il reste 14 secondes, il reçoit 140 points. Cela dit, s`il ne parvient pas à terminer le niveau dans le temps imparti, il doit visionner une vidéo publicitaire pour continuer ou recommencer entièrement.