Bubble Shooter Arena est un jeu de bulles de savon qui utilise les mécanismes populaires de Zuma. Il comporte également un élément de compétition. Dans une région sèche et désertique, le joueur détruit des trains sur des rails constitués de bulles roulantes tout en passant devant d`anciennes structures et des points d`eau. Le joueur tente de gagner le plus de points et de pièces possible et d`obtenir des succès spéciaux. Dans les niveaux de boss, il tente également de battre les temps des autres joueurs et de grimper dans les classements.
Le joueur reçoit un tireur de grenouille et une ligne de visée en croix qui lui permet d`effectuer des tirs de précision. Dans le tireur, ils reçoivent un projectile principal de boule de bulles dans la bouche de la grenouille et un projectile secondaire dans sa tête. Pour ne jamais perdre un tir, ils peuvent échanger ces deux projectiles à tout moment. S`il n`y a pas de correspondance sur le train, ils peuvent également tirer un projectile sur le côté, loin du train.
Le jeu ne permet au joueur que de faire éclater des grappes d`au moins trois boules de bulles correspondantes qui incluent le projectile. Lorsqu`une grappe éclate, les boules à bulles qui la précèdent cessent généralement de rouler vers l`avant. Si les boules de cette moitié correspondent à l`avant de la moitié arrière, le jeu fait rouler l`avant dans l`arrière et fait éclater automatiquement les bulles correspondantes connectées.
Bubble Shooter Arena s`arrête si le joueur laisse le train atteindre un portail tourbillonnant au bout de la piste. Cela dit, le joueur peut faire éclater les bulles plus rapidement grâce à des boosters. Avec des pièces ou des vues publicitaires, le joueur peut utiliser des bombes noires explosives et des boules de feu, des fusées filantes et des flocons de neige qui arrêtent le temps.