Boeing Flight Simulator 3D permet au joueur de prendre le contrôle d`un avion commercial en tant que pilote qui doit accomplir certaines tâches de vol, comme traverser des cadres blancs dans les airs et transporter et déposer des passagers dans les aéroports de destination. À chaque voyage réussi, le joueur reçoit l`accès à des aéroports supplémentaires ainsi que de l`argent et des pièces pour payer le carburant et les améliorations de l`avion.
Ce simulateur n`affiche pas de cockpit. Au lieu de cela, le joueur utilise des outils flottants au premier plan des scènes extérieures et des plans extérieurs de l`avion. Le jeu donne au joueur la possibilité de changer de vue de la caméra pour voir l`avion, la piste et d`autres environnements sous différents angles. Il fournit également des lignes de guidage vertes lumineuses dans le ciel pour montrer la bonne route qu`ils doivent prendre pour atteindre leur destination.
Boeing Flight Simulator 3D exige que le joueur utilise un clavier pour diriger l`avion vers le haut, le bas, la gauche et la droite tout en gardant un œil sur la bulle d`horizon artificiel ou l`indicateur d`altitude et la jauge de carburant. Sinon, le joueur utilise sa souris ou son appareil tactile pour effectuer des réglages, comme faire glisser les leviers de poussée pour accélérer et décélérer et appuyer sur les boutons des trains d`atterrissage et du frein.
